Древних захоронений на территории Новодевичьего монастыря не сохранилось, за исключением нескольких закладных плит XVIII века. Единственная дошедшая до нашего времени могила принадлежит первой игуменье монастыря Елене Девочкиной. Расположена она у апсиды северного придела Смоленского собора, на закладной доске видна надпись:
«В лето 1524 г. Князь великий Василий Иванович воздвиже сию пречистую обитель, в ней же храм Пречистой Богородицы Смоленские и собра инокинь девического чину множество, им же бысть начальница благоверная и благочинная сия схимонахиня Елена Семеновна дочь, зовомая Девочкина и в сей обители преставися с миром в лето 1548…»
Елена Девочкина в старинных письменных святцах причислена к московским святым, рядом с ней впоследствии были погребены ее преемница схимонахиня Домникея и послушница Феофания. Перед их гробницей — каменная плита, вделанная в алтарную стену.
Со временем в монастыре стали хоронить представителей феодальной знати и лиц духовного звания, а позднее и лиц других сословий. В Отечественную войну 1812 года французы, оставляя Москву, готовились взорвать Новодевичий монастырь. Поставлены были бочонки с порохом, к которым уже и фитили были подведены. Уходя из монастыря, французы зажгли фитили, и обители грозило полное разрушение. Оставались какие-то секунды, но мужественная казначея Сарра с несколькими послушницами залили водой и фитили, которые уже подбирались к пороху, и загоревшийся в некоторых кельях пол.

 В память спасения обители от разрушения в трапезной Успенской церкви был устроен особый придел и учрежден благодарственный ежегодный крестный ход. Близ Успенского собора находится и могила казначеи Сарры Николаевны, скончавшейся на 75-м году жизни в марте 1840 года.
Из захоронений XIX века на территории монастыря сохранились могилы участников Отечественной войны 1812 года, декабристов, ученых, литераторов, государственных и военных деятелей. Среди одиннадцати участников войны с Наполеоном, могилы которых сохранились до нашего времени, Денис Давыдов — один из самых известных героев. Поэт — создатель романтической гусарской лирики, он был также автором военно-исторических и теоретических трудов («Опыт теории партизанского действия», «Тильзит в 1807 году»), политических басен («Голова и ноги» и др.). В 1957 году на его могиле был установлен бронзовый бюст, выполненный скульптором Е. Рудаковым. И установлен он позади сохранившегося постамента старого надгробия, завершавшегося первоначально крестом с распятием.
Два других участника войны 1812 года — из рода князей Волконских. Сергей Александрович был капитаном московского ополчения, за отличие в сражении произведен в майоры, а в 1814 году стал комендантом города Реймса, занятого русскими.
Генерал-лейтенант Дмитрий Михайлович был участником еще суворовских походов. Он умер в 1835 году и погребен в семейном мавзолее, возведенном из крупных плит белого известняка в первой половине XIX века. Несмотря на свои небольшие размеры, мавзолей этот очень торжествен и выглядит монументально. В науке есть предположение, что мавзолей Волконских является произведением знаменитого Д. Жилярди, много строившего для представителей этого княжеского рода.
О воинском пути генерала от инфантерии В.И. Тимофеева напоминают резные надписи: «Прейсиш-Эйлау», «Кенигсберг 1807», «Бородино 1812», «Замостье 1831». Они симметрично расположены по сторонам портретного барельефа в овальном медальоне на беломраморном саркофаге, увенчанном фигурами склоненных воинов. К сожалению, утрачены беломраморная урна и ограда, представлявшая собой цепи, укрепленные на врытых в землю пушках.
В битве при Аустерлице начал свой путь 17-летний кавалергард Михаил Орлов. Участвовавший во всех исторических сражениях с Наполеоном, он закончил войну генералом, приняв со стороны русского командования капитуляцию Парижа. Об этом сказано и в надгробной надписи на его могиле: «Генерал-майор Михаил Федорович Орлов родился 25 мая 1788 года, заключил условия сдачи Парижа, скончался 19 марта 1842 года».
В 1815 году М.Ф. Орлов подал императору Александру I адрес с проектом уничтожения в России крепостного права, что было первой гласной попыткой освобождения крестьян. Активный член ранних декабристских организаций, после восстания он был отстранен от всякой государственной деятельности и сослан. «Лев, сидящий в клетке», как назвал его А. Герцен, до самой смерти находился под надзором. Рядом похоронена его жена Екатерина Орлова, урожденная Раевская, старшая сестра Марии Волконской — «женщина необыкновенная», по мнению А.С. Пушкина.
Рядом со Смоленским собором находится могила декабриста П.И. Колошина и его жены А.Г. Колошиной. Их могила, обозначенная саркофагом из черного полированного гранита с выступающими полями, окружена чугунной оградой.
Некоторые надгробные памятники начала XIX века обладали высокими художественными достоинствами, например надгробие князя С.С. Гагарина. Оно представляет собой трехчастную композицию из пирамиды, стоящего перед ней саркофага и скорбной фигуры, склонившейся у края саркофага. Рядом в одной ограде находится надгробие его супруги — княгини В.Н. Гагариной. На высоком основании темного гранита — беломраморная фигура полулежащего ангела, опирающегося на погребальную урну. Оба памятника проникнуты гармонией покоя и несуетной скорби.
Более эмоционально решен памятник Г.И. Бибикову. Центром композиции является колонна, установленная на мощном пьедестале. На урну, которая завершает колонну, опирается плакальщица, с другой стороны, у основания колонны — фигурка плачущего младенца.
К концу XIX века территория монастырского некрополя практически была уже вся занята, и в 1898 году игуменья обители Антония обратилась в Синодальное управление с прошением об освящении земли за пределами южной стены монастыря. Начались работы по расширению некрополя, которые велись по проекту и под непосредственным наблюдением профессора архитектуры И.П. Машкова.
Новое кладбище, площадью в 2,7 гектара, официально открыли в 1904 году, но первые захоронения появились здесь раньше.
Интересен памятник в виде изящной часовни-усыпальницы, построенный по проекту архитектора В. Покровского и установленный на месте захоронения Прохоровых — владельцев московской Трехгорной мануфактуры. Стены усыпальницы, сложенные из известковых блоков, покрыты великолепной резьбой со стилизованными изображениями ангелов и крестов. Угловые колонки сплошь украшены орнаментальной резьбой, а над пышным порталом — образ Спаса Нерукотворного, плат которого с двух сторон поддерживают коленопреклоненные ангелы.
На кладбище Новодевичьего монастыря похоронено много историков и исторических романистов, так, например, здесь погребены трое Соловьевых: отец — Сергей Михайлович и два его сына — Владимир и Всеволод. Их могилы расположены на пути следования к величественному Смоленскому собору. Первоначальное надгробие на могиле Владимира Соловьева не сохранилось; сейчас там стоит не очень удачный памятник, вернее фрагмент старого гипсового надгробия, установленный в 1950-е годы.
Чуть в стороне под проволочным балдахином-навесом находится могила с плитой, на которой значится имя М.Н. Загоскина — участника войны с Наполеоном, автора романов «Юрий Милославский, или Русские в 1612 году», «Рославлев, или Русские в 1812 году», «Искуситель», «Тоска по родине» и других. Писатель погребен вместе с супругой, а рядом расположились могилы некоторых их родственников. Балдахин со временем утратил свой крест, и запущенная могила некогда знаменитого романиста говорила о забвении, коснувшемся последнего приюта безгранично доброго, честного, радушного и веселого Михаила Николаевича.
В глубине Старого кладбища похоронен И.И. Лажечников — тоже участник войны с Наполеоном, скончавшийся 26 июня 1869 года. Писатель, которому В.Г. Белинский посвятил восторженные строки, умер бедным, не оставив жене и детям никакого состояния, кроме своего честного имени.
Могильный холмик, под которым погребен И.И. Лажечников, располагался среди роскошных гробниц. На нем установили простой деревянный крест, а под образом Спаса прибили металлическую дощечку с надписью, что здесь похоронен «…русский Вальтер Скотт, из-под пера которого вышли знаменитые романы „Ледяной дом", „Последний Новик", „Басурман". Потомки, зачитывавшиеся этими романами, даже не воздвигли писателю достойный его надгробный памятник…
Недолго жила память и на могиле замечательного писателя А.Ф. Писемского, скончавшегося в 1881 году. Хоть ему и был установлен памятник из серого гранита со словами „В руц Твои, Господи, предаю духъ мой", но со временем оказалось, что нечего здесь искать ни венков, ни цветов. В начале XX века даже пожилые монахини и кладбищенские сторожа не могли вспомнить, чтобы родственники приходили на могилу А.Ф. Писемского и его жены. Одни только птицы любили сидеть на памятнике творца „Горькой судьбины", „Тысячи душ" и других романов…
В 1919 году кладбище, получившее название „Новодевичье", стало местом захоронения рядовых москвичей, но таким оно оставалось меньше 9 лет. В 1927 году по решению ВЦИК его выделили „для захоронения лиц с общественным положением". С той поры право покоиться на Новодевичьем кладбище стало в советском обществе одной из высших привилегий, и решения о погребении на нем при любых временах всегда принимала власть.
В 1930-х годах, в период наиболее яростного разрушения монастырских некрополей, и позднее, после проведения „благоустройства" территории кладбища, могилы многих великих россиян были уничтожены. В 1934 году Новодевичий монастырь на правах филиала вошел в состав Государственного исторического музея. Перед научными работниками (а их в 1935 году было всего 3 человека) была поставлена задача — произвести реконструкцию старой композиции и подготовить новую, включив в нее и показ некрополя — вернее того, что от него к этому времени осталось. Половина памятников (даже больше половины) нуждалась в полном восстановлении, в частности памятники и надгробия поэта К.Н. Батюшкова, крупнейшего русского филолога и искусствоведа Ф.И. Буслаева, графа С.С. Уварова и многих других писателей, ученых и политических деятелей, чьи могилы были уничтожены еще в 1920-е годы.
В эти же годы с многих упраздненных кладбищ на Новодевичье перенесли останки и памятники ряда военачальников и выдающихся деятелей науки и культуры. Среди них — Н.В. Гоголь, А.П. Чехов, СТ. Аксаков, А.С. Хомяков, И.И. Левитан, П.М. и СМ. Третьяковы, М.Н. Ермолова, В.В. Хлебников и другие…
К 1940 году на территории Новодевичьего монастыря были заасфальтированы главные дорожки, сделаны насыпи на местах могил, если их можно было определить по фотографии, а также определены сдвинутые со своего места памятники. Тогда же были восстановлены и заново оформлены старинные надгробия И.И. Лажечникова, А.А. Шаховского, В.И. Астракова.
При создании так называемой „Площадки писателей" безвозвратно были утеряны могилы многих известных людей России, в том числе утрачены могилы четырех декабристов. Очень трагична, например, судьба могилы Н.Н. Муравьева — основателя „Союза спасения", члена Военного общества и „Союза благоденствия", участника Отечественной войны 1812 года и заграничных походов русской армии, награжденного многими орденами. В 1930-е годы по его могиле была проложена асфальтированная дорога, по которой теперь во время Пасхального богослужения проходит Крестный ход. Современный памятник — невысокая стела из серого мрамора — в 1960-е годы была установлена в 10–11 метрах от места прежнего захоронения декабриста.
На новое место (рядом с могилой СП. Трубецкого) была перемещена и могила декабриста М.И. Муравьева-Апостола, ранее захороненного в западной части монастыря.
Недалеко от алтаря северного придела Смоленского собора был погребен А.А. Брусилов, в советское время — инспектор Красной кавалерии. Стела из красного гранита установлена на его могиле в 1940-е годы.
Сохранившийся некрополь литераторов невелик, но представлен очень известными именами. В их числе упоминавшийся уже князь А.А. Шаховской — популярнейший в свое время комедиограф, о котором А.С. Пушкин писал:
Там вывел колкий Шаховской
Своих комедий шумный рой…
Во время Отечественной войны 1812 года князь был командиром Тверского ополчения и написал интереснейшие „Записки о событиях 1812 года". Могила его не сохранилась и была восстановлена условно. В 1850 году над ней был установлен памятник, стилизованный под жертвенник середины XIX века.
У алтаря Успенской церкви — место родовых погребений Рюриковичей Яковлевых. Здесь сохранились массивные гранитные саркофаги Алексея Александровича, Ивана Алексеевича и Льва Алексеевича — деда, отца и дяди А.И. Герцена.
Поэт А.Н. Плещеев похоронен возле своей рано умершей супруги Еликониды, с именем которой связаны его лучшие лирические произведения. Оба надгробия — беломраморный бюст поэта и крест на могиле его жены — находились сначала у западной стены монастыря и были защищены от непогоды застекленной часовенкой. Перезахоронение их было произведено в 1930-е годы.
На Новодевичьем кладбище покоятся — поэты М.В. Исаковский, А.Т. Твардовский; писатели А.И. Куприн, В.В. Иванов, М.А. Булгаков, А.Н. Толстой, В.М. Шукшин; артист и библиофил Н.П. Смирнов-Сокольский, кинооператор Э.К. Тиссэ, актер Е.Я. Урбанский, драматург Н.Ф. Погодин, турецкий писатель и общественный деятель Назым Хикмет; художники В.А. Серов, А.А. Дейнека, И.Э. Грабарь; скульпторы С.Т. Коненков, В.И. Мухина; писатель и киносценарист Ю.С. Семенов; скрипач и дирижер Д.Ф. Ойстрах, актер и певец М.Н. Бернес, композиторы И.О. Дунаевский, А.И. Островский… Вот далеко не полный список имен тех, кто составляет гордость и славу отечественной культуры.
В октябрьские дни 1941 года, когда бои с фашистами шли на подступах к Москве, произошло одно нелепое событие: какой-то чиновник, заботясь о сохранении тайн государственных архивов, причислил к ним и сведения о… мертвых. Так оказались уничтоженными и многие документы о Новодевичьем кладбище, поэтому в силу случившегося более половины захоронений этого некрополя не имеет достоверных документов. Работу по выявлению утраченного начал С.Е. Кипнис, который с каждого памятного знака, с каждого надгробия и с каждой могильной плиты начал списывать все, что удавалось прочесть.
Новодевичье кладбище является своего рода и мартирологом сталинской тирании. Здесь покоятся сотни лиц, бывших в свое время узниками тюрем и лагерей. В их числе — главный маршал авиации А.А. Новиков, маршал артиллерии Н.Д. Яковлев, нарком авиации Шакурин, академики А.Н. Туполев, В.П. Глушко, Л.Д. Ландау, Берг, И.М. Майский; врачи В.Ф. Зеленин, Коган, Виноградов; артисты Лидия Русланова и Дикий, поэты Н. Заболоцкий, Я. Смеляков… На десятках надгробий есть надписи в память о расстрелянных и погубленных страшным ГУЛАГом.
Во второй половине прошлого века „вернулись" из Лондона прах Н.П. Огарева (1966), из Парижа — прах Ф.И. Шаляпина (1984)…