В Москве умерших хоронили сначала при монастырях и приходских церквах, но в 1657 году царь Алексей Михайлович повелел устроить новые кладбища, так как приходские к тому времени были уже переполнены из-за случившейся в 1654 году моровой язвы. 

Смертность от этой эпидемии была такой высокой, что многие москвичи отводили места для погребений даже на своих огородах и во дворах. Такое положение и заставило царя издать в январе указ, „…чтобы церкви, и кладбища, и церковные земли, и на церковных землях дворы, и кто тех кладбищ и церковных земель к своим дворам и огородам принели, и кто близко тех церковных кладбищ и земель живет — переписать и переметить из Земского Приказа".

 Через два месяца переписные листы были готовы, и в конце марта Алексей Михайлович повелел:…не погребать у четырех приходских кремлевских церквей мертвых для того, что у тех церквей в моровое поветрие погребены умершие многие люди с язвами и чтобы от тех язвенных, как у тех церквей учнут вновь погребать, моровое поветрие вновь на людей не учинилось. И те церковные кладбища огородить забором…

 Могилы, которые по необходимости остались за забором, были бы попличены, то есть покрыты каменными плитами и залиты известью.
После царского указа на приходских кладбищах стали хоронить только своих прихожан, чтобы сохранить больше места для будущих погребений. Но в Москве к этому времени было уже много пришлых людей из ближайших и отдаленных городов Русского государства, немало было и иностранцев, и для них тоже требовались места погребений. Примерно в это время и было устроено Немецкое кладбище в Марьиной роще — для рейтар (гвардейцев) царя Алексея Михайловича. Расположено кладбище было в виде квадрата и окопано невысоким валом, на могилах устанавливали надгробные высокие продолговатые плиты. 

Верхняя часть почти на всех плитах была закруглена, кроме того, по краям они часто украшались виньетками.
В первое время на нем погребались не только рейтары, но и сравнительно бедные бесермены, проживавшие в Москве, а затем все знатные иностранцы. Одним из первых на кладбище был захоронен, как указывала надпись на самом древнем памятнике, Фриц Адольф, русский подданный Его Царского Величества, умерший в 1675 году. При Петре I здесь стали погребать и шведских пленных, а во второй половине XVIII века в основном военных и их жен.
До моровой язвы богатые и состоятельные люди, как указывалось выше, погребались при монастырях и приходских церквах, например все члены рода Нарышкиных — в стенах Высокопетровского монастыря в храме Боголюбской Богоматери. Здесь по обеим сторонам стояли ряды соединенных между собой каменных памятников с поставленными на них черными дощечками. На эти дощечки в сокращении были перенесены старинные надписи, высеченные на памятниках внизу. До нашествия Наполеона памятники над захоронениями Нарышкиных были покрыты красным сукном, но французы в надежде найти сокровища разломали памятники, уничтожили некоторые надписи и похитили сукно. В 1830-х годах на каждом памятнике были поставлены образы святых, соименных погребенным.
Так погребались люди именитые, но для большинства бедных и безродных тоже надо было устраивать кладбища, где бы их погребали за умеренную плату или даже вовсе бесплатно. В XVI веке тела умерших насильственной смертью или скоропостижно скончавшихся вне дома, а также безродных тюремных узников, странников и убогих клали в часовнях в людных местах для опознания — в надежде, что их, может быть, кто-нибудь узнает и тем самым даст властям ключ к отысканию виновника смерти (если она последовала от насилия) или к отысканию родственников покойного. В Москве такие часовни располагались на крестцах Китай-города: Никольском, Ильинском и Варварском. Но в летнее время держать умерших более 3–4 дней было нельзя, а их иногда набиралось столько, что в часовнях не хватало места. Поэтому со временем в санитарно-гигиенических целях в окрестностях Москвы стали устраивать особые помещения барачного типа, „оборудованные ямами со льдом", для таких покойников и кладбища для погребения их. Так образовались Божьи (или Убогие) дома, которые, как и сами умершие, предоставлялись воле Божьей или благотворительности православных людей.
Обычно Божьи дома устраивались при окраинных монастырях и церквах, где к весне скапливалось большое количество покойников, так как зимой они почти не погребались. Православный люд стекался сюда в основном в весенние и летние праздники (на Пасху, Троицу и в другие), а осенью — под Покров и приносил свои посильные пожертвования на погребение „бездомных", на совершение общей панихиды и на поминовение умерших.
Так возникло кладбище Крестовоздвиженского убогого дома, окруженное владениями князя К.О. Щербатова, окольничего И.Ф. Пушкина, стольника И. Волынского и частью государевой земли. В то время местность эта была мало заселена и состояла по большей части из огородов землевладельцев и отдельных дворов, а речка Неглинная, с крытыми берегами и запрудами, в этом месте протекала открыто. Сначала это кладбище было незначительным по площади, но потом быстро расширилось. Другой Божий дом с собственным кладбищем располагался за Земляным городом и принадлежал Покровскому монастырю. Пашенные и кладбищенские земли монастыря соседствовали с землей митрополита Крутицкого, и иногда между владельцами возникали недоразумения из-за земель.
Со временем и на кладбищах при Божьих домах не стало хватать места, так как 10 октября 1713 года Петр I издал указ, согласно которому царю не понравилось, что в Москве и в других городах, при церквах и монастырях надгробные камни лежат сверх земли, так что препятствуют в хождении при церковных шествиях». Поэтому другим указом, от 12 апреля 1722 года, было приказано «надгробные камни при церквах и монастырях опускать вровень с землею, надписи на камнях делать сверху; которые же камни неудобно так разместить, употреблять их в строение церковное». Через полтора года новый указ (от 10 октября 1723 года) предписывал: «В Москве и других городах мертвых человеческих телес, кроме знатных персон, внутри городов не погребать, а погребать их при монастырях и при приходских церквах вне городов».
В конце октября того же года Святейший синод, во исполнение царского указа и чтобы никто сомнения не имел, постановил: «Объявить, что от погребений внутри градов приключается воздуху повреждение, отчего бывают иногда и тяжкие болезни и прочие тому подобные злые припадки, человеческому здравию вредные». Указ Петра I и распоряжение Святейшего синода были вызваны быстрым ростом народонаселения Москвы и скученностью в городе построек. Например, к 1726 году незначительный приход при Крестовоздвиженской церкви сделался довольно значительным и имел уже 76 дворов. И власти Москвы распорядились «перенести Убогий дом от Воздвиженской церкви в поле — на Государеву землю», где и образовалось новое божедомское кладбище.
Однако указ Петра I выполнялся очень слабо, и 2 июля 1748 года последовал новый указ, которым императрица Елизавета Петровна, жившая тогда в Москве, запретила хоронить умерших при городских церквах на всем пространстве между Успенским собором и ее дворцом, находившимся на Яузе (близ Немецкой слободы). Могилы, имевшиеся около тех церквей, приказано было сровнять с землей, а для погребения умерших в приходах тех церквей, при которых запрещено было хоронить, императрица повелела отвести вне Москвы землю для кладбища и выстроить там церковь. Для устройства этого кладбища был составлен комитет, в который вошли игумен Сретенского монастыря Лаврентий, архитектор князь Ухтомский и другие лица, а место для кладбища выбрали за Мещанской слободой, близ Марьиной рощи. Так было учреждено кладбище, на котором в 1750 году выстроили деревянную церковь во имя святого Лазаря. Однако до устройства кладбищ разрешалось погребать и при некоторых церквах, например при церкви Знамения в Переяславской слободе, церкви святого Панкратия близ Сухаревой башни и некоторых других.
С отъездом императрицы из Москвы и ее указ мало-помалу стал забываться, так что в ноябре 1755 года епархиальное начальство вынуждено было сделать строгое внушение священникам, обязав их хоронить умерших исключительно на Лазаревском кладбище.
В 1771 году в Москве вспыхнула эпидемия чумы, унесшая жизни почти 70 000 человек. В связи с этим бедствием указом Государственного сената от 24 марта 1771 года были отведены особые места за городом для захоронения умерших от чумы, а также места и для скончавшихся от обычных болезней и по старости. К тому же предписывалось «построить на оных кладбищах на первый случай хотя бы небольшие деревянные церкви», и возводились они под наблюдением архитектора В.И. Баженова и члена 2-го департамента Юстиц-коллегии А.И. Дурново. Так были устроены Ваганьковское кладбище с церковью святого Иоанна Милостивого, Дорогомиловское с церковью святой Елизаветы, Калитниковское с церковью Богородицы Всех Скорбящих Радости, Миусское с церковью святой Софии и ее дочерей Веры, Надежды и Любови, Пятницкое с церковью Преподобной Параскевы.52Таким образом, можно сказать, что русское законодательство о кладбищах стало действовать только в царствование императрицы Екатерины II, и изложено оно было во врачебном уставе.53По русскому законодательству кладбища должны были устраиваться на расстоянии не менее 213 метров от последнего жилья, а в селениях — не ближе, чем на полверсты. Но на практике, особенно с ростом городов, часто приходилось отступать от этих требований.
Лазаревское кладбище сначала было небольшим и небогатым. В 1780 году церковь на нем по ветхости была разобрана, и с этого времени прекратилась выплата казенного жалованья причту. Новую кладбищенскую церковь решил выстроить именитый московский купец Лука Иванович Долгов, родственники которого погребались на этом кладбище. По кончине своей и сам он был погребен под одним из средних столбов церкви, на котором была сделана краткая надпись о его жизни и заслугах.
При церкви по распоряжению Л.И. Долгова было устроено и отделение для бедных, которые содержались на средства его семьи.
После эпидемии чумы некоторое время разрешалось хоронить умерших в Спасо-Андрониковом монастыре, Новодевичьем, Новоспасском, Донском и других, находившихся за Земляным валом. В 1781 году Синодальная контора посчитала, что можно разрешить погребение и в отдаленных церквах Москвы (у Знамения в Переяславской слободе, Тихвинской в Красном селе и других). Князь В.М. Долгоруков, главнокомандующий Москвы, согласился на это, но обер-полицмейстер Н.П. Архипов объявил, что распоряжение следует отменить, так как достаточно дозволения погребать при монастырях, которые находятся за Земляным валом.
После чумы были разобраны и многие церкви (Николаевская в Мыльниках, Саввы Стратилата на Знаменке, Иоакима и Анны близ Пушечного двора на Лубянке, Предтеченская на Ленивке и др.). С устройством городских кладбищ бывшие кладбища при приходских церквах запустели, приходские священники продавали землю, и обширные некогда погосты стали заселяться горожанами. Между тем время сокрушало и могильные памятники, так что каменные надгробия стали использовать для устройства церковных помостов или клали близ церквей как тротуары для пешеходов. Еще в 1775 году митрополит Платон Левшин прекратил продажу этой земли и обязал священников следить за тем, чтобы погосты не застраивались, а сохранялись бы в чистоте и были бы обнесены оградами.
После чумы возникло и Даниловское кладбище, получившее свое название за соседство с одноименной слободой и за близость к Свято-Данилову монастырю. Временную деревянную церковь на нем построил архитектор В.И. Баженов, но сведений о ней не сохранилось. Нынещняя была построена уже в 1832 году Ф.М. Шестаковым. Современная площадь кладбища равняется 35 гектарам, которые поделены на 39 участков.
Рядом с входом на кладбище располагается могила М.З. и А.Д. Третьяковых. Их знаменитые сыновья — Павел и Сергей — сначала тоже были похоронены рядом с родителями, и над их могилой возвышался большой крест под балдахином. Позже прах Павла Михайловича перенесли на Новодевичье кладбище, а Сергея Михайловича — на кладбище Свято-Да-нилова монастыря. Когда монастырское кладбище было закрыто, прах последнего перезахоронили в могилу брата. Теперь на их общей могиле стоит первоначальный памятник.
Даниловское — кладбище купеческого Замоскворечья, и много на нем упокоилось представителей этого сословия. Среди них были и меценаты, например, умерший в 1913 году Лепешкин Семен Васильевич. При жизни он открыл первое бесплатное общежитие для студентов Московского университета, для этого купил дом в Филипповском переулке (ныне ул. Аксакова, 11). Будучи за границей, он узнал о голоде в Москве и выделил крупную сумму денег для организации бесплатных столовых. Рядом с СВ. Лепешкиным похоронена его жена Варвара Яковлевна, основавшая в Москве профессиональное училище, в котором обучали швейному делу. Но до настоящего времени могила супругов не сохранилась.
Известной благотворительницей была и Александра Игнатьевна Осипова. В своем селе близ нынешнего Теплого Стана она построила великолепный храм и училище на 60 детей, в 1888 году внесла 300 000 рублей54на реставрацию храма Вознесения Господня, располагавшегося у Серпуховских ворот, передавала крупные суммы на строительство и реставрационные работы ряда соборов Москвы, Ялты, Оптиной и Зосимовской пустыней и в другие епархии. Она много жертвовала различным благотворительным учреждениям и выдавала ежемесячные пособия более ста семействам. Могила А.И. Осиповой на Даниловском кладбище, к сожалению, тоже не сохранилась…
Мансуров Николай Порфирьевич — автор первого учебника по венерическим заболеваниям. Он с отличием закончил Московский университет и работал в больнице для бедных. Был инициатором сбора денежных средств и автором проекта строительства кожно-венерической клиники, которая была открыта в Москве в 1895 году и впоследствии стала лучшей в Европе.
Для верующих на Даниловском кладбище самой почитаемой является могила Никоновой Матроны Дмитриевны (1881–1952). Родом она была из Тульской губернии, четвертым и последним ребенком в семье немолодых уже крестьян. Родилась Матрона слепой, но в семилетнем возрасте у нее появился дар чудотворения и исцеления. К девочке стали обращаться за помощью не только из ближних, но и из дальних деревень. Однако дети не понимали Матрону и часто обижали ее, и многие часы она проводила в одиночестве. В 1925 году Матрона переехала в Москву, и здесь к ней тоже обращались за помощью и исцелением, и порой она принимала вдень по 40 человек. Блаженная старица говорила: «После смерти моей приходите на мою могилу. Как принимала людей, так и принимать буду».
Пятницкое кладбище возникло за Крестовским путепроводом тоже после чумы 1771 года. Первое захоронение, которое видит посетитель, — склеп-часовня над могилой семьи Смирновых, известных производителей винно-водочной продукции. Благодаря пожертвованиям «водочного короля» — Петра Арсеньевича Смирнова — расширяли свою деятельность многие российские приюты, больницы и учебные заведения, некоторые из которых действуют до сих пор. Последние годы жизни П.А. Смирнов был старостой и псаломщиком Благовещенского собора в Кремле и тоже делал большие взносы в приходскую казну. К сожалению, могила его не сохранилась, на ее месте со временем встала кладбищенская контора, на стене которой укреплена мемориальная доска с надписью: «Петр Арсеньевич Смирнов (1831–1898), коммерции советник, выдающийся российский винозаводчик и благотворитель. Среди живых да не будешь забыт».
В 1855 году на Пятницком кладбище состоялись, наверное, самые многолюдные за всю его историю похороны, когда весь Московский университет вышел хоронить профессора истории Т.Н. Грановского. Лекции его имели небывалый успех, и не только студенты, но и многие москвичи ходили «на Грановского». Во время похорон почти у всех были на глазах слезы, а некоторые просто рыдали. Отпевали Т.Н. Грановского в университетской церкви святой Татьяны, и от Моховой улицы до самого кладбища — 6 верст — студенты на руках несли гроб любимого профессора.
Рядом с Т.Н. Грановским похоронен его друг — знаменитый актер Михаил Щепкин, которого называли «отцом русского сценического реализма». А недалеко от этих погребений находится могила человека, на похоронах которого присутствовало всего несколько самых близких друзей. Иван Захарович Суриков, на памятнике которого написано «поэт-крестьянин», всю жизнь не мог выбиться из нужды, и хоронил его на свой счет издатель К.Т. Солдатенков. Как и многие другие талантливые выходцы из народа, И.З. Суриков при жизни не удостоился признания, зато теперь ни одно русское застолье не обходится без песни «Что шумишь, качаясь, тонкая рябина…», автором строк которой он был.
Много замечательных людей было похоронено на Пятницком кладбище в советское время, в частности на одном из отдаленных участков покоится профессор А.Л. Чижевский — выдающийся биофизик и основоположник гелиобиологии, намного опередивший свое время. В 1942 году он был репрессирован и отправлен работать в «шарашку». И он до такой степени был увлечен своей работой, что, когда вышел срок заключения, отказался покинуть «шарашку» до завершения работы.
За склепом семьи Смирновых начинается главная аллея кладбища, с левой стороны которой установлен оригинальный обелиск — большая гранитная голова на белом постаменте. Здесь похоронен поэт Борис Слуцкий — автор многих прекрасных стихов о Великой Отечественной войне.